Q 민간투자사업자가 고속도로를 건설하여 국가에 기부채납하고 그 대가로 고속도로 관리운영권을 받아 주무부처의 통행료 조정 승인 지연으로 발생한 수입 감소분에 대한 보전금을 지급받는 경우 해당 보전금이 부가가치세 과세표준에 해당되는지?<서면-2015-법령해석부가-0257, 2015.7.15.>
A 민간투자사업자가 고속도로를 건설하여 국가에 기부채납하고 그 대가로 고속도로관리운영권을 받아 사용수익하는 중 고속도로 민간투자 시설사업 실시협약에 따라 주무부처의 통행료 조정승인 지연으로 발생한 수입감소분을 국가로부터 보전금으로 지급받는 경우 해당 보전금은 민간투자사업자의 고속도로관리운영과 직접 관련하여 지급되는 것으로서 「부가가세법」제29조제5항제4호가 적용되지 아니하는 것으로 부가가치세 과세표준에 해당됩니다.
참고로「부가가세법」제29조제5항의 규정을 보면, 1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액. 2. 환입된 재화의 가액. 3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손되거나 훼손되거나 멸실한 재화의 가액. 4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금. 5. 공급에 대한 대가의 지급이 지체되었음을 이유로 받는 연체이자. 6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액 등은 수입은 있으나 재화 및 용역의 공급과 직접 관련이 없는 거래로 보아 부가가치세 과세표준에 해당되지 않는다고 규정되어 있습니다.