Q. 음식점을 운영하고 있습니다. 음식점에서 사용하는 재료는 주로 농수산물로서 재료를 매입할 때 부가가치세를 주지 않습니다. 이러한 농수산물 매입분에 대하여도 부가가치세 매입세액을 공제해 준다는데 그 내용을 알고 싶습니다.
A. 부가가치세 납부세액은 매출세액에서 사업자가 물품 등을 구입할 때 부담한 부가가치세, 즉 매입세액을 공제하여 계산하는 것이 원칙입니다. 그러나 예외적으로 부가가치세가 면제되는 농산물․축산물․수산물․임산물 등의 원재료를 구입, 제조·가공하여 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업자는 원재료를 구입할 때 직접 부담한 부가가치세는 없지만, 한도액 내에서 구입가액의 일정율(공제율)에 해당하는 금액을 매입세액으로 의제하여 매출세액에서 공제받을 수 있는데, 이를 「의제매입세액 공제제도」라고 합니다. 음식점업자가 공급받는 농산물 등에 대하여는 법인은 6/106, 개인은 8/108을 적용하며, 제조업자(중소기업 및 개인사업자로 한정) 및 「개별소비세법」 제1조 제4항에 따른 과세유흥장소 경영자에 대해서는 4/104를, 기타 제조업자에 대해서는 2/102의 공제율을 적용한 의제매입세액을 공제합니다. 다만 해당 과세기간에 해당 사업자가 면세농산물등과 관련하여 공급한 과세표준에 법인사업자는 100분의 30을, 개입사업자에 대해서는 과세표준이 2억원 이하인 경우에는 100분의 50, 과세표준이 2억원 초과인 경우에는 100분의 40을 곱하여 계산한 금액을 한도로 하여 공제율을 곱하여 공제하게 됩니다. 그리고 의제매입세액을 공제받기 위해서는 공급받은 사실을 증명하는 서류를 제출해야 하므로 면세사업자로부터 원재료를 구입해야 하고, 계산서나 신용카드영수증 등 적격증빙을 받아야 합니다.