Q 청구법인은 의류 등 무역업을 영위하는 법인으로서 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 “a회사”로부터 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 확정신고와 법인세를 신고하였으나, 처분청은 세무조사를 실시하여 “a회사”는 자료상으로 확정된 업체이고, 대금결재 내용이 불명확하므로 실물거래 없이 받은 매입세금계산서로 보아 법인세와 부가가치세를 고지하자 심판청구를 제기한 사건임.<조심2013서4536, 2014.2.20.>
A 청구법인의 주장은 - 매입처인 “a회사”로부터 매입한 물품은 전량을 직수출하여 수출신고필증까지도 있음에도 “a회사”가 자료상이므로 실질적으로 청구법인이 실물거래를 하지 않았을 것으로 보아 거래를 부인한 처분청의 결정은 잘못이라는 것임.
이에 대한 조세심판원의 결정을 요약하면 - 청구법인과 처분청에서 제시한 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살핀 결과 청구법인의 매입과 매출이 짧은 기간내 이루어졌고, 청구법인의 재무제표 상 기말재고가 없으며, 청구법인이 제출한 수출신고필증, 구매확인서, 세금계산서 등의 수출 관련 증빙에 의해 제품을 매출한 사실이 확인되고 있어 비록 유통경로나 실지매입처를 확인할 수는 없지만, “a회사”로부터 수취한 매입가액 상당액을 손금 산입함이 합리적이라 할 것이나, 처분청이 세무조사 당시 청구법인의 입고 물량과 출고 물량을 대사하지 않았고, 실제 매입가액을 확인하지 아니하였으며, 실제 수출이 이루어졌는지 등에 대한 확인이 미흡하다고 보이므로 이를 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 과세처분의 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 결정한 건입니다. 이는 매출에 대한 매입원가는 실물거래를 동반한 매입세금계산서라야 하는 점과 세무조사시에는 입고 및 출고 내용 등 사실확인을 철저히 하여야 한다는 점을 강조한 내용입니다.
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입력 : 2014년 04월 06일 
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