서울에 살면서 아파트 한 채를 소유하고 있는 신나라 씨는 몇 해 전에 노후에 거주할 목적으로 지방에 있는 조그만 밭과 그에 딸린 농가주택을 하나 구입한 적이 있다.
농가주택은 취득 당시에도 빈집이었지만 그동안 돌보지 아니하여 완전히 폐가가 되었으며 신나라씨 또한 이를 집이라고 생각하지 않고 있다.
그런데 이번에 살고 있는 아파트를 팔고 다른 곳으로 이사하려고 하니 1세대 2주택자이기 때문에 수천만 원의 양도소득세를 내야 한다고 한다. 사람이 살 수도 없는 집인데 건축물관리대장과 등기부등본에 주택으로 등재되어 있다고 거액의 세금을 내야 한다니 신나라 씨로서는 억울한 생각이 든다. 이런 경우 세금을 안 낼 수 있는 방법은 없나?
◆ 1세대 1주택 비과세 신나라 씨의 경우와 같이 공부상 2개의 주택을 소유하고 있는 자가 그 중 하나의 주택을 양도하게 되면 일단 양도소득세 과세대상으로 분류된다. 물론 양도소득세는 실질내용에 따라 과세하므로 그 중 1주택이 폐가상태에 있는 등 주택으로서의 기능을 하지 못한다면 나머지 1주택을 양도하는 경우 비과세 적용을 받을 수 있으나, 이를 인정받기가 그리 쉬운 일이 아니다. 왜냐하면 아파트 양도당시에 농가주택이 폐가 상태였다는 것을 누가 보더라도 인정할 수 있는 객관적인 자료를 가지고 입증하여야 하기 때문이다. 만약 미리 자료를 준비해 놓지 않고 있다가 고지서를 받고 난 다음에 소급해서 자료를 준비하려면 자료를 준비하는 것도 어렵지만 이를 인정받기도 매우 어렵다. 그러므로 농가주택을 새로 개축할 예정이거나 주택신축 허가를 받기가 어려워 세금부담을 감수하고서라도 보유할 예정이 아니라면 폐가상태에 있는 농가주택은 멸실시킨 다음 건축물관리대장 등 공부를 정리해 두는 것이 좋다. 그러면 거주하고 있는 주택을 양도하더라도 아무런 문제없이 1세대 1주택 비과세 적용을 받을 수 있기 때문이다.
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입력 : 2012년 09월 13일 
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