Q. “연구 및 인력개발비에 대한 세액공제”의 대상이 되는 인건비의 범위에 연봉제를 적용하는 연구원에게 매년 말 지급하는 중간정산퇴직금 지급액이 포함되는지 여부.
A. 퇴직금은 연구개발 인건비에 포함되지 않아 세제혜택을 받을 수 없다는 조세심판원의 결정이 나왔습니다. 심판원은 “조세특례제한법의 연구 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비 범위에 퇴직금은 포함되지 않는다.”고 결정하였습니다. 심판원에 따르면 연구 인력개발비가 적용되는 인건비 범위는 퇴직소득과 퇴직급여충당금전입액을 제외한다는 조세특례제한법 기본통칙이 적용되어 왔으며, 이 같은 통칙이 이미 납세자에게 통일된 세법해석 기준으로 인식돼 왔다. 이에 따라 조세특례제한법상 연구 인력개발비에 대한 세액공제는 해당과세연도에 연구 인력개발에 직접적으로 투입된 일반적인 급여에 대해서만 적용된다는 것이다.
앞서 최근 개정된 조세특례제한법 시행령에서도 연구 인력개발비가 적용되는 인건비 범위에 퇴직소득 및 퇴직급여충당금을 제외하도록 규정했다. 심판원은 “연구 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비의 범위에 퇴직금(중간정산퇴직금)이 포함된다고 보기 어렵다.”며 “퇴직금의 경우와 같이 장기간 근속기간을 고려해 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 지급의무가 발생하는 후불적 임금까지도 연구개발에 직접적으로 투입됐다고 하기 어렵다.”고 부언 설명했다.
결과적으로 조세특례제한법상 연구 인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비는 해당 과세연도에 지급되는 금액만 해당된다고 보아야 합니다.