Q. 2개의 사업장(제조공장과 직매장)을 운영하고 있는 주경영 사장은 7월 부가가치세를 납부하면서 많은 어려움을 겪었다. 직매장의 부가가치세 6천만원을 25일까지 납부한 다음, 월말에는 물품대금 5천만원을 결제해야했기 때문이다. 제조공장에서는 영세율 적용으로 1억원의 환급세액이 발생했지만, 이는 8월에 환급되기 때문에 자금운영에 도움이 되지 않았다. 이와 같은 경우 보다 효율적으로 자금을 운용하는 방법이 없을까?
A. 부가가치세는 사업장 단위로 세금을 신고·납부하는 것이 원칙이다. 그러므로 사업장이 2개 이상 있는 사업자의 경우, 한 사업장에서는 환급세액이 발생하고 다른 사업장에서는 납부세액이 발생할 수 있다. 이 경우 납부세액은 신고와 함께 납부하여야 하지만, 환급세액은 일정한 기간이 지나야 환급 받게 되므로 납세자로서는 자금운용에 어려움을 겪게 된다. 이러한 경우에 처해 있는 납세자의 부담을 덜어주기 위해 부가가치세법에서는 ‘주사업장총괄납부’ 제도를 두고 있다.
한 사업자에게 2개 이상의 사업장이 있는 경우, 부가가치세를 각 사업장마다 납부하지 않고 주된 사업장에서 다른 사업장의 납부세액까지 총괄하여 납부하거나 환급 받을 수 있게 한 제도이다. 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 총괄납부하고자 하는 과세기간 개시 20일 전에 「주사업장총괄납부신청서」를 주사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
‘주사업장총괄납부’제도는 주된 사업장에서 단순히 납부·환급세액만 총괄하여 납부하거나 환급하는 것이므로, 과세표준 신고나 세금계산서 합계표 제출 등 법에 규정된 제반 의무는 각 사업장별로 이행하여야 한다.
주사장의 경우 직매장의 납부세액과 공장의 환급세액을 통산하면 환급세액이 4천만원 발생한다. 만약 주사장이 주사업장총괄납부 신청을 해두었더라면, 신고때 직매장의 납부세액 6천만원을 납부하지 않아도 되며 나중에 4천만원만 환급 받으면 된다.
이와 같이 일부 사업장에서 환급이 발생하고 다른 사업장에서는 세금을 납부해야 하는 경우에는 총괄납부하는 것이 자금운용면에서 절대 유리하다. 또한 환급이 발생하는 사업장이 없더라도 주사업장에서 각 사업장의 세금을 한꺼번에 납부하면 되므로 총괄납부가 편리하다. 총괄납부 사업자가 되면 직매장으로 반출하는 것에 대하여는 재화의 공급으로 보지 않기 때문에 세금계산서를 발행하지 않아도 되는 편리한 점도 있다.
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입력 : 2011년 06월 05일 
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